田間蔬果採樣工作較適合之時機可分為短期蔬菜及多年生果樹兩大類。短期蔬菜及屬連續採收之蔬菜於採收前3-5天；水果則為採收前10-14天(果實至少要有8分熟度)進行採樣送驗。
- 訪談農民基本資料及用藥情形，並確實填寫「農作物農藥殘留檢驗樣品採樣紀錄表（簡稱採樣紀錄表，如附表）」，各欄位需依訪談結果詳實填寫。
- 目測估算受採田區及作物之面積及空間分佈情形，決定採樣點配置點數，並依前述蔬果採樣原則進行採樣動作，注意均勻分佈以提高樣品之代表。
- 避免污染方式：每採完一件樣品後應即更換手套或洗淨雙手。樣品放入採樣袋前可置乾淨塑膠袋，避免樣品汁液流出。將採樣袋封好後，袋上各項資料務必填寫清楚完整，請採樣人員、生產者、貨主、其代表人或指派之人員簽章於採樣袋正面及封口處，以示樣品公正性。
- 採樣後寄送方式：遠距離樣品則請採樣人員將所有樣品袋裝入紙箱中，以冷藏貨運寄送至行政院農業委員會農業藥物毒物試驗所輔導之各區域檢驗中心，且應避免樣品囤積及擠壓，造成腐爛、枯萎及可能影響樣品新鮮度，導致原有殘留農藥代謝分解。
三、蔬果集貨場（含理貨、加工、分裝、貯存等場所）抽驗作業：
農民團體、農業產銷班及個別農民之蔬果集貨場、理貨、加工、分裝、貯存等場所；另轄內田邊交易、大型果菜批發市場等場所，必要時納入採樣地點。
- 依農產品集貨（理貨、加工、分裝、貯存）區現場進行分配採樣點，採樣點以逢機及分散為原則。
- 各項作物母族群樣本數10件以下者，抽樣1件，超過10件以上者，抽樣2件。
比照蔬果田間抽驗作業採樣數量。
- 訪談農民基本資料及用藥情形，並確實填寫採樣紀錄表，各欄位需依訪談結果詳實填寫
- 目測估算受採農產品空間分佈情形，決定採樣點配置點數，注意均勻分佈以提高樣品之代表性。
- 續比照前述蔬果田間抽驗作業採樣之避免污染方式及採樣後寄送方式辦理。
四、學校午餐食材抽驗作業
自農民流通至學校午餐供應商階段之前端源頭或學校自立廚房、食材供應商、團膳作業場所、截切場等地。
依農產品進貨區現場進行分配採樣點，採樣點以逢機及分散為原則。
600公克。
- 依訪談抽樣對象結果詳實填寫「採樣紀錄表」。
- 注意均勻採樣以提高樣品之代表性。
- 續比照前述蔬果田間抽驗作業採樣之避免污染方式及採樣後寄送方式辦理。
五、採樣程序應注意事項
- 腐爛、破損、掉落地面、嚴重受病蟲害為害、或不直接作為農產品者（如留種），不視為有效檢驗樣品。
- 同一農民於同一產期內之同類作物不做重覆採樣，除非前次採樣農藥殘留超量，而列入管制追蹤檢測者，需再次採樣送驗。
- 田間農民在接受抽樣送驗後，應避免再任意噴藥。
- 農民無故拒絕採樣應依農藥管理法處理。業者無故拒絕採樣應依農藥管理法或食品安全衛生管理法處理。
- 主管機關執行農產品農藥殘留採樣檢驗作業時，應作採樣紀錄，並由生產者或貨主或其代表人或其指派之會同人員，應於紀錄上簽名或蓋章確。
