1. 遏止狂牛病。
2. 防杜食品偽造安全事件的發生。
3. 促進農業升級，導入資訊新技術。

 
說明：
2001 年九月，日本於千葉縣的白井市，發現了第一頭罹患「狂牛病」的小牛。當初相關官員極力否認，保證不是狂牛病，呼籲國人安心，不幸的是，當樣本分別送到歐洲以及美國檢測之後，都證實這頭牛罹患了狂牛病。自此開始，日本人對牛肉的攝取量銳減逾半，畜牛產業崩盤，經過數年努力，於 2003 年6月11日制定?管理與傳達辨識牛肉個體用資訊之相關特別措施法?，規定自2003年12月1日開始強制實施牛隻的個體辨識與生產履歷制度，才杜絕了狂牛病的發生。

另一個促使日本導入食品追溯制度的原因，是當時多起的食品偽造或是標示不實事件，例如有名的雪印奶粉事件，進口牛肉蓄意標示為本國牛肉事件(在日本，本國牛肉的售價高過進口牛肉數成)，每每造成社會的驚恐，以及嚴重打擊政府的威信與能力。

其時恰民意支持度低下的森喜朗首相下台，獲民意高度支持的小泉純一郎首相上台，亟欲一展雄風，因此特別推動生產履歷制度，且將其納入國家重點推動的 E-Japan 及 U-Japan 計畫當中，配合政府的自動化計畫，希望能夠間接促進農業的升級，改變農業的體質，強化食品安全，並且藉由資訊新技術的導入，擴大相關產業，促進發展.